Metabolismo (derivado do termo grego μεταβολή metabolē, que significa "mudança") abrange a coleção de reações químicas vitais que sustentam a vida dentro de entidades biológicas. Suas funções primárias envolvem três processos principais: transformar a energia dos nutrientes em uma forma utilizável para operações celulares; conversão de substâncias ingeridas em macromoléculas fundamentais (biopolímeros) como proteínas, lipídios, ácidos nucléicos e carboidratos específicos; e facilitando a eliminação de subprodutos metabólicos. Essas reações enzimáticas permitem que os organismos se desenvolvam, se propaguem, preservem sua integridade estrutural e interajam com o ambiente. De forma mais ampla, o metabolismo pode denotar todas as transformações químicas que ocorrem nos sistemas vivos, incluindo os processos digestivos e o transporte intercelular e intracelular de substâncias. Ao se referir especificamente às reações confinadas nas células, o termo metabolismo intermediário (ou intermediário) é empregado.
Metabolismo (do grego: μεταβολή metabolē, "mudança") refere-se ao conjunto de reações químicas que sustentam a vida e que ocorrem nos organismos vivos. As três funções principais do metabolismo são a conversão da energia dos alimentos em uma forma utilizável para processos celulares; a conversão de alimentos em blocos de construção de macromoléculas (biopolímeros), como proteínas, lipídios, ácidos nucléicos e alguns carboidratos; e a excreção de resíduos metabólicos. Estas reações catalisadas por enzimas permitem que os organismos cresçam, se reproduzam, mantenham as suas estruturas e respondam aos seus ambientes. A palavra metabolismo também pode se referir a todas as reações químicas que ocorrem nos organismos vivos, incluindo a digestão e o transporte de substâncias para dentro e entre diferentes células. Num sentido mais amplo, o conjunto de reações que ocorrem dentro das células é denominado metabolismo intermediário (ou intermediário).
As reações metabólicas são fundamentalmente classificadas em dois tipos principais: processos catabólicos, que envolvem a degradação de compostos complexos (por exemplo, a quebra da glicose em piruvato através da respiração celular); e processos anabólicos, que envolvem a síntese (biossíntese) de moléculas complexas (por exemplo, proteínas, carboidratos, lipídios e ácidos nucléicos). Normalmente, o catabolismo está associado à liberação de energia, enquanto o anabolismo requer entrada de energia.
As reações químicas metabólicas são sistematicamente organizadas em vias metabólicas, onde um precursor químico sofre uma transformação sequencial em um produto distinto, com cada etapa individual mediada por uma enzima específica. As enzimas são indispensáveis ao metabolismo porque permitem aos organismos executar reações endergônicas, que não ocorreriam espontaneamente, ao acoplá-las a reações exergônicas que liberam energia. Funcionando como catalisadores, as enzimas aceleram as taxas de reação e também fornecem um mecanismo para regular o ritmo das reações metabólicas, por exemplo, em resposta a alterações no meio celular ou a sinais provenientes de outras células.
O sistema metabólico de um organismo determina quais substâncias são percebidas como nutrientes e quais são tóxicas. Por exemplo, embora certos procariontes utilizem sulfeto de hidrogênio (H₂S) como nutriente, esse gás é venenoso para várias espécies animais. Por outro lado, como gasotransmissor, o sulfeto de hidrogênio é produzido endogenamente por alguns mamíferos, incluindo humanos, em concentrações mínimas, onde cumpre funções cruciais de sinalização e regulação. A taxa metabólica basal quantifica a energia total gasta por um organismo durante a totalidade dessas reações químicas.
Uma característica marcante do metabolismo é a profunda conservação das vias metabólicas fundamentais em uma imensa diversidade de espécies. Por exemplo, os ácidos carboxílicos reconhecidos como intermediários no ciclo do ácido cítrico são onipresentes, presentes em todos os organismos conhecidos, desde a bactéria unicelular Escherichia coli (E. coli) até grandes entidades multicelulares, como os elefantes. Esta notável semelhança nas vias metabólicas é provavelmente atribuível às suas origens antigas na história evolutiva e à sua eficácia sustentada. Além disso, os processos metabólicos normais são frequentemente perturbados em várias condições patológicas, incluindo diabetes tipo II, síndrome metabólica e cancro. O perfil metabólico distinto das células cancerígenas, em comparação com as células normais, oferece caminhos promissores para a identificação de alvos para intervenções terapêuticas em oncologia.
Principais componentes bioquímicos
Os componentes estruturais de animais, plantas e microrganismos são predominantemente compostos por quatro classes fundamentais de moléculas: aminoácidos, carboidratos, ácidos nucléicos e lipídios (comumente chamados de gorduras). Dado o seu papel indispensável na manutenção da vida, as reações metabólicas são direcionadas principalmente para a biossíntese dessas moléculas para a construção celular e tecidual, ou para a sua degradação catabólica e utilização para aquisição de energia através de processos digestivos. Esses constituintes bioquímicos podem polimerizar para formar macromoléculas essenciais à vida, como DNA e proteínas.
Aminoácidos e Proteínas
As proteínas consistem em aminoácidos ligados sequencialmente por ligações peptídicas, formando cadeias poliméricas lineares. Numerosas proteínas funcionam como enzimas, facilitando as reações bioquímicas essenciais ao metabolismo. Além das funções enzimáticas, as proteínas também cumprem funções estruturais e mecânicas; por exemplo, eles constituem o citoesqueleto, um intrincado sistema de andaimes crucial para manter a morfologia celular. Além disso, as proteínas são essenciais para vários processos celulares, incluindo transdução de sinal, respostas imunes, adesão celular, transporte ativo de membrana e regulação do ciclo celular. Os aminoácidos contribuem adicionalmente para o metabolismo energético celular, servindo como fonte de carbono para o ciclo do ácido cítrico (também conhecido como ciclo do ácido tricarboxílico), particularmente sob condições de escassez de glicose ou estresse metabólico.
Lípidos
Os lipídios representam uma classe altamente diversificada de compostos bioquímicos. Estruturalmente, são componentes primários das membranas biológicas internas e externas, incluindo a membrana plasmática. Além disso, os lipídios servem como uma fonte significativa de energia química. Caracteristicamente, os lipídios possuem uma longa cadeia de hidrocarbonetos não polares ao lado de uma região polar menor contendo oxigênio. Normalmente classificados como moléculas biológicas hidrofóbicas ou anfipáticas, os lipídios são solúveis em solventes orgânicos como etanol, benzeno ou clorofórmio. As gorduras, um subgrupo substancial, compreendem ácidos graxos e glicerol; especificamente, um triacilglicerídeo consiste em uma molécula de glicerol esterificada em três ácidos graxos. Abundam as variações estruturais, abrangendo estruturas como a esfingosina na esfingomielina e porções hidrofílicas, como o fosfato nos fosfolipídios. Os esteróides, incluindo os esteróis, constituem outra categoria proeminente de lipídios.
Carboidratos
Carboidratos são poli-hidroxialdeídos ou cetonas que podem adotar configurações de cadeia linear ou cíclica. Como as moléculas biológicas mais abundantes, os carboidratos desempenham diversas funções, incluindo armazenamento e transporte de energia (por exemplo, amido, glicogênio) e fornecimento de integridade estrutural (por exemplo, celulose em plantas, quitina em animais). As unidades fundamentais dos carboidratos são os monossacarídeos, exemplificados pela galactose, frutose e, notadamente, pela glicose. Os monossacarídeos podem polimerizar para formar polissacarídeos através de uma extensa gama de ligações.
Nucleotídeos
O ácido desoxirribonucléico (DNA) e o ácido ribonucléico (RNA), os dois ácidos nucleicos primários, são estruturas poliméricas compostas por monômeros de nucleotídeos. Cada nucleotídeo compreende um grupo fosfato, um açúcar pentose (ribose ou desoxirribose) e uma base nitrogenada. Os ácidos nucleicos são indispensáveis para o armazenamento e utilização da informação genética, que é interpretada através da transcrição e da biossíntese de proteínas. Esta informação genética é salvaguardada por mecanismos de reparação do ADN e disseminada através da replicação do ADN. Numerosos vírus, incluindo o VIH, possuem um genoma de ARN e empregam transcrição reversa para sintetizar um modelo de ADN a partir do seu ARN viral. O RNA dentro das ribozimas, como spliceossomos e ribossomos, exibe atividade catalítica semelhante a uma enzima em reações químicas. Os nucleosídeos individuais são formados pela ligação covalente de uma nucleobase a um açúcar ribose. Essas bases nitrogenadas são anéis heterocíclicos categorizados como purinas ou pirimidinas. Além de suas funções genéticas, os nucleotídeos também funcionam como coenzimas em várias reações metabólicas de transferência de grupos.
Coenzimas
O metabolismo abrange um amplo espectro de reações químicas, predominantemente categorizadas em tipos fundamentais que envolvem a transferência intramolecular de grupos funcionais e suas ligações associadas. Este princípio químico conservado permite que as células utilizem um repertório limitado de intermediários metabólicos para transportar grupos químicos entre várias reações. Esses intermediários de transferência de grupo são designados como coenzimas. Cada classe específica de reações de transferência de grupo é facilitada por uma coenzima distinta, que serve como substrato tanto para suas enzimas sintetizadoras quanto para suas enzimas consumidoras. Consequentemente, essas coenzimas passam por síntese, consumo e subsequente reciclagem contínua.
O trifosfato de adenosina (ATP) é uma coenzima essencial, funcionando como a principal moeda de energia dentro das células. Este nucleotídeo medeia a transferência de energia química entre diversas reações bioquímicas. Embora as concentrações celulares de ATP sejam relativamente baixas, sua regeneração contínua permite que o corpo humano processe diariamente aproximadamente seu próprio peso corporal em ATP. O ATP serve como uma ligação energética crucial entre as vias catabólicas e anabólicas. O catabolismo envolve a quebra de moléculas complexas, enquanto o anabolismo envolve a sua síntese. Os processos catabólicos produzem ATP, enquanto as reações anabólicas necessitam do seu consumo. Além disso, o ATP atua como transportador de grupos fosfato nas reações de fosforilação.
As vitaminas são compostos orgânicos essenciais em quantidades ínfimas, que as células são incapazes de sintetizar. Nos contextos nutricionais humanos, a maioria das vitaminas serve como coenzimas após modificações específicas; por exemplo, todas as vitaminas solúveis em água sofrem fosforilação ou acoplamento de nucleotídeos durante a sua utilização celular. O dinucleotídeo de nicotinamida adenina (NAD+), derivado da vitamina B3 (niacina), funciona como uma coenzima crucial ao aceitar o hidrogênio. Numerosas desidrogenases distintas facilitam a remoção de elétrons de seus respectivos substratos, reduzindo assim o NAD+ a NADH. Posteriormente, esta forma reduzida de coenzima atua como substrato para várias redutases celulares que requerem a transferência de átomos de hidrogênio para seus próprios substratos. O dinucleotídeo nicotinamida adenina se manifesta em duas formas celulares intimamente relacionadas: NADH e NADPH. O par redox NAD+/NADH desempenha um papel mais significativo nos processos catabólicos, enquanto o NADP+/NADPH é empregado nas vias anabólicas.
Minerais e Cofatores
Os elementos inorgânicos são indispensáveis para os processos metabólicos, sendo alguns, como o sódio e o potássio, abundantes, enquanto outros operam eficazmente em concentrações vestigiais. Aproximadamente 99% da massa do corpo humano compreende os elementos carbono, nitrogênio, cálcio, sódio, cloro, potássio, hidrogênio, fósforo, oxigênio e enxofre. Macromoléculas orgânicas, incluindo proteínas, lipídios e carboidratos, são responsáveis pela maior parte do conteúdo de carbono e nitrogênio, enquanto a maior parte do oxigênio e do hidrogênio existe na forma de água.
Elementos inorgânicos abundantes funcionam como eletrólitos. Os íons principais incluem sódio, potássio, cálcio, magnésio, cloreto, fosfato e o íon orgânico bicarbonato. A manutenção de gradientes iônicos precisos através das membranas celulares é crucial para regular a pressão osmótica e o pH. Além disso, os íons são vitais para a função neural e muscular, visto que os potenciais de ação nesses tecidos surgem da troca de eletrólitos entre o fluido extracelular e o fluido intracelular, ou citosol. Os eletrólitos atravessam as membranas celulares através de estruturas proteicas especializadas conhecidas como canais iônicos. Por exemplo, a contração muscular depende do movimento regulado de cálcio, sódio e potássio através de canais iônicos localizados na membrana celular e nos túbulos T.
Os metais de transição normalmente ocorrem como oligoelementos nos organismos, sendo o zinco e o ferro os mais prevalentes entre eles. Os cofatores metálicos exibem forte ligação a locais específicos nas proteínas; apesar de sofrerem modificações durante a catálise, esses cofatores enzimáticos invariavelmente revertem ao seu estado inicial após a conclusão da reação catalisada. Os organismos assimilam micronutrientes metálicos através de transportadores específicos, e esses metais subsequentemente se ligam a proteínas de armazenamento como ferritina ou metalotioneína quando não são utilizados ativamente.
Catabolismo
O catabolismo abrange os processos metabólicos responsáveis pela degradação de moléculas complexas. Isso inclui a decomposição e oxidação de moléculas de nutrientes. O objetivo principal das reações catabólicas é fornecer a energia e os elementos constituintes necessários para as reações anabólicas, que envolvem síntese molecular. As características precisas destas reações catabólicas variam entre diferentes organismos, permitindo a sua classificação em grupos nutricionais primários com base nas suas respectivas fontes de energia, hidrogénio e carbono. Os organotróficos utilizam moléculas orgânicas como fontes de átomos de hidrogênio ou elétrons, enquanto os litotróficos empregam substratos inorgânicos. Enquanto os fototróficos transformam a energia solar em energia química, os quimiotróficos dependem de reações redox que envolvem a transferência de elétrons de moléculas doadoras reduzidas - como compostos orgânicos, hidrogênio, sulfeto de hidrogênio ou íons ferrosos - para aceitadores terminais de elétrons, como oxigênio, nitrato ou sulfato. Nos animais, estes processos implicam a quebra de moléculas orgânicas complexas em compostos mais simples, incluindo dióxido de carbono e água. Organismos fotossintéticos, exemplificados por plantas e cianobactérias, empregam reações análogas de transferência de elétrons para armazenar energia capturada da radiação solar.
As vias catabólicas predominantes em animais são normalmente delineadas em três estágios principais. Inicialmente, macromoléculas orgânicas complexas, incluindo proteínas, polissacarídeos e lipídios, sofrem digestão extracelular em seus componentes menores constituintes. Posteriormente, essas moléculas menores são internalizadas pelas células e transformadas em entidades ainda menores, comumente acetil coenzima A (acetil-CoA), um processo que produz uma certa quantidade de energia. Em última análise, o grupo acetil do acetil-CoA é oxidado em água e dióxido de carbono através do ciclo do ácido cítrico e da cadeia de transporte de elétrons, liberando assim energia adicional e reduzindo simultaneamente a coenzima nicotinamida adenina dinucleotídeo (NAD+) a NADH.
Digestão
As células são incapazes de processar diretamente macromoléculas, que primeiro devem ser catabolizadas em constituintes menores para utilização metabólica celular. Várias classes de enzimas facilitam a digestão destes polímeros. Por exemplo, as proteases decompõem as proteínas em aminoácidos, enquanto as glicosídeos hidrolases convertem polissacarídeos em açúcares simples, especificamente monossacarídeos.
Os microrganismos liberam enzimas digestivas diretamente em seu ambiente externo. Em contraste, os animais secretam essas enzimas exclusivamente a partir de células especializadas localizadas no trato digestivo, como as do estômago, pâncreas e glândulas salivares. Posteriormente, as proteínas de transporte ativo facilitam a absorção dos aminoácidos e açúcares liberados por essas enzimas extracelulares nas células.
Energia derivada de compostos orgânicos
O catabolismo de carboidratos envolve a decomposição de carboidratos em constituintes menores. Normalmente, os carboidratos são absorvidos pelas células após sua digestão em monossacarídeos, incluindo glicose e frutose. Intracelularmente, a glicólise representa a via catabólica primária, convertendo glicose em piruvato. Este processo produz a molécula transportadora de energia NADH a partir do NAD+ e sintetiza ATP a partir do ADP, que alimenta inúmeras funções celulares. Embora o piruvato sirva como intermediário em várias vias metabólicas, a maior parte dele é transformada em acetil-CoA e canalizada para o ciclo do ácido cítrico, facilitando assim a geração adicional de ATP através da fosforilação oxidativa. Este processo oxidativo consome oxigênio molecular, liberando água e dióxido de carbono como resíduos. Em condições de escassez de oxigênio, ou quando a produção de piruvato excede temporariamente seu consumo pelo ciclo do ácido cítrico (por exemplo, durante atividade muscular extenuante), o piruvato é convertido em lactato pela enzima lactato desidrogenase. Esta reação também regenera o NAD+ do NADH para uso posterior na glicólise, garantindo a produção contínua de energia. O lactato pode mais tarde ser reconvertido em piruvato para a síntese de ATP em contextos que exigem energia ou transformado novamente em glicose através do ciclo de Cori. A via das pentoses fosfato oferece uma rota alternativa para a quebra da glicose, produzindo menos energia, mas apoiando os processos anabólicos, especificamente a síntese de biomoléculas. Essa via reduz a coenzima NADP+ a NADPH e gera compostos pentoses, como a ribose 5-fosfato, essenciais para a síntese de diversas biomoléculas, incluindo nucleotídeos e aminoácidos aromáticos.
Os lipídios sofrem catabolismo por hidrólise, produzindo ácidos graxos livres e glicerol. O glicerol entra posteriormente na via da glicólise, enquanto os ácidos graxos são degradados por meio de beta-oxidação, liberando acetil-CoA, que então alimenta o ciclo do ácido cítrico. Notavelmente, os ácidos graxos geram uma quantidade maior de energia após a oxidação em comparação aos carboidratos. Certas bactérias também catabolizam esteróides através de um processo análogo à beta-oxidação, que libera quantidades substanciais de acetil-CoA, propionil-CoA e piruvato, os quais podem ser utilizados pela célula para produção de energia. M. tuberculosis é capaz de utilizar o colesterol como fonte exclusiva de carbono, e os genes associados às vias do metabolismo do colesterol foram confirmados como cruciais ao longo de várias fases do metabolismo do M. tuberculose ciclo de vida da infecção.
Os aminoácidos desempenham um papel duplo: ou são incorporados na síntese de proteínas e outras biomoléculas, ou são oxidados em ureia e dióxido de carbono para gerar energia. A via oxidativa começa com a remoção enzimática do grupo amino por uma transaminase. Este grupo amino entra então no ciclo da ureia, deixando para trás um esqueleto de carbono desaminado na forma de um cetoácido. Vários desses cetoácidos funcionam como intermediários no ciclo do ácido cítrico; por exemplo, o α-cetoglutarato é formado através da desaminação do glutamato. Além disso, os aminoácidos glicogênicos podem ser convertidos em glicose por meio da gliconeogênese.
Transformações de Energia
Fosforilação oxidativa
Durante a fosforilação oxidativa, os elétrons extraídos de moléculas orgânicas, como aquelas do ciclo do ácido cítrico, são transferidos para o oxigênio. A energia liberada nesta transferência é posteriormente aproveitada para a síntese de ATP. Nas células eucarióticas, esse processo ocorre por meio de uma série de proteínas incorporadas nas membranas mitocondriais, conhecidas coletivamente como cadeia de transporte de elétrons. Por outro lado, nas células procarióticas, essas proteínas estão situadas na membrana interna da célula. Essas proteínas utilizam a energia derivada de moléculas reduzidas, como o NADH, para transportar ativamente prótons através de uma membrana.
A expulsão de prótons da mitocôndria estabelece um diferencial transmembrana de concentração de prótons, gerando assim um gradiente eletroquímico. Esta força resultante impulsiona os prótons de volta para a mitocôndria através do sítio catalítico da ATP sintase. O influxo de prótons induz a rotação na subunidade do pedúnculo, que por sua vez altera a conformação do sítio ativo do domínio sintase, facilitando a fosforilação do difosfato de adenosina (ADP) em trifosfato de adenosina (ATP).
Energia derivada de compostos inorgânicos
A quimiolitotrofia representa uma via metabólica predominante em organismos procarióticos, em que a energia é adquirida através da degradação oxidativa de compostos inorgânicos. Tais organismos utilizam substâncias como hidrogênio, vários compostos de enxofre reduzido (por exemplo, sulfeto, sulfeto de hidrogênio, tiossulfato), ferro ferroso (Fe (II)) ou amônia como doadores de elétrons. A oxidação destes compostos fornece a energia necessária. Estas atividades microbianas específicas são fundamentais nos ciclos biogeoquímicos globais, incluindo acetogênese, nitrificação e desnitrificação, e são indispensáveis para manter a fertilidade do solo.
Aquisição de energia dependente de luz
A energia solar é aproveitada por uma grande variedade de organismos, incluindo plantas, cianobactérias, bactérias roxas, bactérias verdes sulfurosas e certos protistas. Este mecanismo de captura de energia está frequentemente ligado à transformação do dióxido de carbono em moléculas orgânicas, componente fundamental da fotossíntese. No entanto, nos procariontes, os sistemas de captura de energia e fixação de carbono podem funcionar de forma independente; por exemplo, bactérias roxas e bactérias sulfurosas verdes podem utilizar a luz solar como fonte de energia enquanto alternam entre a fixação de carbono e a fermentação de compostos orgânicos.
Para numerosos organismos, a assimilação da energia solar é conceitualmente paralela à fosforilação oxidativa, envolvendo o acúmulo de energia na forma de um gradiente de concentração de prótons. Esta força motriz de prótons resultante alimenta subsequentemente a síntese de ATP. Os elétrons essenciais para impulsionar esta cadeia de transporte de elétrons originam-se de proteínas especializadas em captação de luz, conhecidas como centros de reação fotossintética. Esses centros de reação são categorizados em dois tipos distintos com base em seus pigmentos fotossintéticos constituintes; a maioria das bactérias fotossintéticas possui apenas um tipo, enquanto as plantas e as cianobactérias são caracterizadas pela presença de ambos.
Dentro das plantas, algas e cianobactérias, o Fotossistema II utiliza energia luminosa para extrair elétrons da água, liberando simultaneamente oxigênio como subproduto. Esses elétrons são posteriormente transferidos para o complexo do citocromo b6f, que aproveita sua energia para translocar prótons através da membrana tilacóide dentro do cloroplasto. A passagem de retorno desses prótons através da membrana alimenta a ATP sintase. Depois disso, os elétrons atravessam o fotossistema I e podem então ser empregados para reduzir a coenzima NADP+. Essa coenzima reduzida pode participar do ciclo de Calvin ou ser regenerada para produção adicional de ATP.
Anabolismo
Anabolismo abrange o conjunto de vias metabólicas construtivas em que a energia liberada do catabolismo é utilizada para a biossíntese de moléculas complexas. Normalmente, as macromoléculas complexas que constituem as estruturas celulares são progressivamente montadas a partir de unidades precursoras menores e mais simples. O anabolismo passa por três etapas fundamentais: inicialmente, a geração de precursores como aminoácidos, monossacarídeos, isoprenóides e nucleotídeos; posteriormente, sua ativação em intermediários reativos, alimentados por ATP; e, finalmente, a polimerização desses precursores ativados em biomoléculas complexas, como proteínas, polissacarídeos, lipídios e ácidos nucléicos.
Os processos anabólicos dentro dos organismos variam com base na origem das moléculas sintetizadas dentro de suas células. Os autotróficos, exemplificados pelas plantas, são capazes de sintetizar macromoléculas orgânicas complexas, incluindo polissacarídeos e proteínas, a partir de compostos inorgânicos rudimentares, como dióxido de carbono e água. Por outro lado, os heterótrofos necessitam de um fornecimento externo de substratos orgânicos mais complexos, tais como monossacarídeos e aminoácidos, para a produção destas moléculas intrincadas. Os organismos são ainda categorizados de acordo com sua fonte de energia final: fotoautotróficos e fotoheterotróficos obtêm energia da luz, enquanto quimioautotróficos e quimioheterotróficos adquirem energia por meio de reações de oxidação.
Fixação de carbono
A fotossíntese envolve a biossíntese de carboidratos utilizando energia solar e dióxido de carbono (CO2). Em organismos fotossintéticos, como plantas, cianobactérias e algas, a fotossíntese oxigenada facilita a clivagem das moléculas de água, produzindo oxigênio como subproduto. Este intrincado mecanismo emprega ATP e NADPH, gerados por centros de reação fotossintética, para transformar CO2 em glicerato 3-fosfato, um precursor da síntese de glicose. A enzima RuBisCO catalisa esta etapa crucial de fixação de carbono dentro do ciclo Calvin-Benson. As plantas exibem três vias fotossintéticas distintas: fixação de carbono C3, C4 e CAM. Essas vias divergem no método de canalização do dióxido de carbono para o ciclo de Calvin; As plantas C3 fixam diretamente CO§45§, enquanto a fotossíntese C4 e CAM inicialmente integram CO§67§ em compostos alternativos, representando adaptações a alta intensidade de luz e ambientes áridos.
Os procariontes fotossintéticos exibem uma gama mais ampla de mecanismos de fixação de carbono. Dentro desses organismos, o dióxido de carbono pode ser assimilado através do ciclo de Calvin-Benson, um ciclo reverso do ácido cítrico ou através da carboxilação de acetil-CoA. Da mesma forma, os quimioautotróficos procarióticos utilizam o ciclo de Calvin-Benson para a fixação de CO2, mas obtêm a energia necessária de compostos inorgânicos.
Carboidratos e Glicanos
Durante o anabolismo de carboidratos, ácidos orgânicos simples podem ser transformados em monossacarídeos, como a glicose, que posteriormente servem como blocos de construção para polissacarídeos como o amido. A biossíntese de glicose a partir de precursores incluindo piruvato, lactato, glicerol, glicerato 3-fosfato e aminoácidos é denominada gliconeogênese. A gliconeogênese facilita a conversão do piruvato em glicose-6-fosfato através de uma sequência de compostos intermediários, muitos dos quais também estão envolvidos na glicólise. No entanto, esta via não é apenas uma reversão da glicólise, uma vez que enzimas não glicolíticas distintas catalisam vários passos importantes. Esta divergência enzimática é crucial para permitir a regulação independente da síntese e degradação da glicose, impedindo assim a operação simultânea de ambas as vias num ciclo fútil. Embora os lípidos sirvam como um mecanismo predominante de armazenamento de energia, os vertebrados, incluindo os humanos, são incapazes de converter os ácidos gordos armazenados em glicose através da gluconeogénese. Esta limitação surge porque estes organismos não possuem a maquinaria enzimática necessária para transformar acetil-CoA em piruvato, uma capacidade presente nas plantas, mas ausente nos animais. Consequentemente, durante períodos prolongados de fome, os vertebrados devem sintetizar corpos cetônicos a partir de ácidos graxos para fornecer uma fonte alternativa de energia para tecidos, como o cérebro, que não podem metabolizar diretamente os ácidos graxos. Em contraste, organismos como plantas e bactérias superam este desafio metabólico através do ciclo do glioxilato. Este ciclo contorna a etapa de descarboxilação do ciclo do ácido cítrico, permitindo assim a conversão de acetil-CoA em oxaloacetato, que pode então ser utilizado para a biossíntese de glicose. Além das reservas lipídicas, a glicose é armazenada na maioria dos tecidos como fonte imediata de energia através da glicogênese, um processo normalmente envolvido na manutenção da homeostase da glicose no sangue.
Polissacarídeos e glicanos são sintetizados através da adição enzimática sequencial de monossacarídeos. Este processo é mediado por glicosiltransferases, que transferem uma unidade monossacarídica de um doador reativo de açúcar-fosfato, como uridina difosfato glicose (UDP-Glc), para um grupo hidroxila aceitador na cadeia polissacarídica alongada. Dado que vários grupos hidroxila no anel do substrato podem funcionar como aceitadores, os polissacarídeos resultantes podem exibir arquiteturas lineares ou ramificadas. Esses polissacarídeos sintetizados podem cumprir funções estruturais ou metabólicas intrínsecas, ou podem ser ligados covalentemente a lipídios e proteínas por oligossacariltransferases.
Ácidos graxos, isoprenóides e esteróis
Os ácidos graxos são sintetizados pelas sintases de ácidos graxos, que catalisam a polimerização e subsequente redução das unidades de acetil-CoA. O alongamento das cadeias acil em ácidos graxos ocorre através de uma série cíclica de reações: adição de grupo acil, redução a um álcool, desidratação a um grupo alceno e uma redução final a um grupo alcano. As enzimas envolvidas na biossíntese de ácidos graxos são categorizadas em dois grupos principais. Em animais e fungos, uma única proteína multifuncional do Tipo I executa todas essas reações de ácido graxo sintase. Por outro lado, em plastídios vegetais e bactérias, enzimas distintas do Tipo II realizam cada etapa individual da via biossintética.
Os terpenos e os isoprenóides constituem uma categoria substancial de lipídios, abrangendo os carotenóides e representando a classe mais extensa de produtos naturais encontrados nas plantas. A síntese desses compostos envolve a montagem e posterior modificação de unidades de isopreno, que são fornecidas pelos precursores reativos isopentenil pirofosfato e dimetilalil pirofosfato. A produção destes precursores pode ocorrer através de rotas metabólicas distintas. Especificamente, em animais e arqueas, a via do mevalonato facilita a sua síntese a partir do acetil-CoA, enquanto as plantas e bactérias utilizam a via não-mevalonato, empregando piruvato e gliceraldeído 3-fosfato como substratos. Um processo bioquímico crítico que utiliza esses doadores de isopreno ativado é a biossíntese de esterol. Dentro deste processo, as unidades de isopreno são inicialmente ligadas para formar esqualeno, que posteriormente sofre ciclização e dobramento para produzir lanosterol. O lanosterol serve como precursor para a síntese de vários outros esteróis, incluindo colesterol e ergosterol.
Proteínas
A capacidade dos organismos de sintetizar os vinte aminoácidos onipresentes apresenta variação considerável. Embora a maioria das bactérias e plantas possuam a capacidade de sintetizar todos os vinte, os mamíferos estão restritos a sintetizar apenas onze aminoácidos não essenciais, necessitando da aquisição dietética dos restantes nove aminoácidos essenciais. Certos parasitas rudimentares, exemplificados pela bactéria Mycoplasma pneumoniae, carecem totalmente de vias de síntese de aminoácidos e, portanto, adquirem esses compostos diretamente de seus organismos hospedeiros. A biossíntese de todos os aminoácidos origina-se de intermediários metabólicos derivados da glicólise, do ciclo do ácido cítrico ou da via das pentoses fosfato. Os átomos de nitrogênio são fornecidos principalmente pelo glutamato e pela glutamina. A síntese de aminoácidos não essenciais depende da formação do alfa-cetoácido correspondente, que posteriormente sofre transaminação para produzir o aminoácido.
As proteínas são sintetizadas através da polimerização de aminoácidos, que são ligados entre si por ligações peptídicas para formar uma cadeia polipeptídica. Cada proteína distinta possui uma sequência característica e única de resíduos de aminoácidos, definindo sua estrutura primária. Análogo ao potencial combinatório das letras alfabéticas para gerar uma imensa diversidade de palavras, os aminoácidos podem ser organizados em diversas sequências para produzir uma vasta gama de proteínas. A síntese de proteínas utiliza aminoácidos que foram ativados através da sua ligação a uma molécula de RNA de transferência (tRNA) através de uma ligação éster. Este precursor aminoacil-tRNA é gerado em uma reação dependente de ATP catalisada por uma enzima aminoacil-tRNA sintetase. Posteriormente, esse aminoacil-tRNA serve como substrato para o ribossomo, que incorpora o aminoácido na cadeia proteica nascente, guiado pela informação da sequência codificada em uma molécula de RNA mensageiro (mRNA).
Biossíntese de nucleotídeos e vias de salvamento
Os nucleotídeos são sintetizados a partir de aminoácidos, dióxido de carbono e ácido fórmico através de vias metabólicas que exigem quantidades substanciais de energia metabólica. Como resultado, a maioria dos organismos possui sistemas altamente eficientes para recuperar nucleotídeos pré-formados. As purinas sofrem biossíntese como nucleosídeos, que consistem em uma base nitrogenada ligada covalentemente a um açúcar ribose. Tanto a adenina quanto a guanina são derivadas do nucleosídeo precursor inosina monofosfato, cuja síntese incorpora átomos originários dos aminoácidos glicina, glutamina e ácido aspártico, além do formato transferido da coenzima tetraidrofolato. Por outro lado, as pirimidinas são sintetizadas a partir da base orotato, que é gerada a partir da glutamina e do aspartato.
Metabolismo Xenobiótico e Homeostase Redox
Os organismos estão perpetuamente expostos a compostos exógenos que são metabolicamente inertes e, se acumulados intracelularmente, exerceriam efeitos prejudiciais devido à sua falta de utilidade metabólica. Esses compostos potencialmente deletérios são designados como xenobióticos. Os xenobióticos, incluindo produtos farmacêuticos sintéticos, toxinas naturais e antibióticos, sofrem desintoxicação através da ação de um sistema enzimático especializado conhecido como enzimas metabolizadoras de xenobióticos. Na fisiologia humana, este sistema compreende enzimas como citocromo P450 oxidases, UDP-glucuronosiltransferases e glutationa S-transferases. Esse sistema enzimático opera em um processo trifásico: inicialmente, o xenobiótico sofre oxidação (Fase I), seguida pela conjugação de grupos funcionais solúveis em água na molécula (Fase II). O xenobiótico modificado e solúvel em água resultante pode posteriormente ser transportado ativamente para fora das células; em organismos multicelulares, pode sofrer metabolismo adicional antes de sua excreção (Fase III). Do ponto de vista ecológico, estas reações têm importância significativa na biodegradação microbiana de poluentes ambientais e na biorremediação de ambientes terrestres e aquáticos contaminados, como derramamentos de petróleo. Embora muitas destas reações metabólicas microbianas sejam conservadas em organismos multicelulares, a extraordinária diversidade entre espécies microbianas permite que estes microrganismos processem um espectro substancialmente mais amplo de xenobióticos do que os seus homólogos multicelulares, incluindo a degradação de poluentes orgânicos persistentes como compostos organoclorados.
O estresse oxidativo constitui um desafio significativo para os organismos aeróbicos. Dentro desses organismos, processos como a fosforilação oxidativa e a formação de ligações dissulfeto durante o enovelamento de proteínas geram espécies reativas de oxigênio, incluindo o peróxido de hidrogênio. Esses oxidantes prejudiciais são subsequentemente neutralizados por metabólitos antioxidantes, como a glutationa, e sistemas enzimáticos, incluindo catalases e peroxidases.
A Termodinâmica dos Organismos Vivos
Os organismos vivos estão inerentemente sujeitos às leis da termodinâmica, que regem a troca de calor e trabalho. Especificamente, a segunda lei da termodinâmica postula que a entropia (desordem) dentro de qualquer sistema isolado não pode diminuir. Embora a notável complexidade dos organismos vivos possa parecer contrariar este princípio, a vida persiste porque todos os organismos funcionam como sistemas abertos, trocando continuamente matéria e energia com os seus ambientes externos. Em vez de existirem em equilíbrio, os sistemas vivos funcionam como estruturas dissipativas, preservando a sua intricada organização ao induzirem um maior aumento na entropia do seu entorno. O metabolismo celular facilita isso integrando as reações espontâneas do catabolismo com as reações não espontâneas do anabolismo. Consequentemente, de uma perspectiva termodinâmica, o metabolismo sustenta a ordem interna através da geração de desordem externa.
Regulação e Controle
Dada a natureza dinâmica dos ambientes da maioria dos organismos, as reações metabólicas necessitam de regulação precisa para manter um estado celular interno estável, um fenômeno conhecido como homeostase. Além disso, a regulação metabólica permite que os organismos respondam a vários sinais e se envolvam ativamente com o ambiente. Compreender a governança das vias metabólicas requer a compreensão de dois conceitos interligados. Primeiro, a regulação de uma enzima dentro de uma via refere-se à modulação da sua atividade – seja um aumento ou uma diminuição – em resposta a sinais específicos. Em segundo lugar, o controle exercido por esta enzima denota o impacto que essas alterações de atividade têm na taxa global, ou fluxo, da via. Por exemplo, uma enzima pode apresentar alterações substanciais na actividade (indicando elevada regulação); no entanto, se estas alterações influenciarem minimamente o fluxo da via metabólica, então essa enzima não contribui significativamente para o controlo global da via.
A regulação metabólica opera em vários níveis hierárquicos. A regulação intrínseca envolve o autoajuste de uma via metabólica em resposta a flutuações nas concentrações de substrato ou produto; por exemplo, uma redução na quantidade do produto pode levar a um aumento do fluxo na via como mecanismo compensatório. Esta forma de regulação frequentemente implica a modulação alostérica de múltiplas atividades enzimáticas dentro da via. Por outro lado, o controle extrínseco descreve como uma célula dentro de um organismo multicelular modifica seu metabolismo em resposta a sinais intercelulares. Estes sinais manifestam-se tipicamente como mensageiros solúveis em água, tais como hormonas e factores de crescimento, que são reconhecidos por receptores específicos situados na superfície celular. Posteriormente, esses sinais são retransmitidos intracelularmente através de sistemas de segundos mensageiros, muitas vezes envolvendo a fosforilação de proteínas.
Um exemplo proeminente e extensivamente estudado de controle extrínseco é a regulação do metabolismo da glicose pelo hormônio insulina. A secreção de insulina é desencadeada por concentrações elevadas de glicose no sangue. A subsequente ligação da insulina aos seus receptores celulares inicia uma cascata de proteínas quinases, que estimula as células a absorver a glicose e a convertê-la em compostos de armazenamento como ácidos graxos e glicogênio. O metabolismo do glicogênio é governado precisamente pelas atividades da fosforilase, a enzima responsável pela degradação do glicogênio, e da glicogênio sintase, a enzima que facilita sua síntese. Essas enzimas exibem regulação recíproca: a fosforilação inibe a glicogênio sintase enquanto ativa a fosforilase. A insulina promove a síntese de glicogênio ativando proteínas fosfatases, reduzindo assim o estado de fosforilação dessas enzimas.
Evolução
As vias metabólicas fundamentais, como a glicólise e o ciclo do ácido cítrico, são conservadas em todos os três domínios da vida e originadas no último ancestral comum universal (LUCA). LUCA era um organismo procariótico, provavelmente um metanógeno, caracterizado por capacidades metabólicas abrangentes de aminoácidos, nucleotídeos, carboidratos e lipídios. A preservação evolutiva destas vias antigas sugere a sua eficiência óptima na abordagem de desafios metabólicos específicos, exemplificados pela glicólise e pelo ciclo do ácido cítrico, que geram produtos finais com elevada eficiência e etapas mínimas. As primeiras vias metabólicas catalisadas por enzimas podem ter envolvido o metabolismo dos nucleotídeos de purina, sucedendo processos metabólicos ainda mais antigos, característicos do mundo do RNA. Vários modelos elucidam os mecanismos evolutivos subjacentes ao surgimento de novas vias metabólicas. Estes modelos abrangem a integração sequencial de novas enzimas em vias ancestrais curtas existentes, a duplicação e subsequente divergência de vias inteiras e o recrutamento de enzimas pré-existentes para montagem em novas sequências de reação. Embora o significado relativo destes mecanismos ainda não esteja totalmente elucidado, as análises genómicas indicam uma ancestralidade partilhada entre as enzimas dentro de uma via, implicando uma evolução gradual onde novas funções surgem de modificações nos componentes da via existente. Uma perspectiva alternativa, derivada de estudos que rastreiam a evolução estrutural das proteínas dentro de redes metabólicas, postula o recrutamento enzimático generalizado, onde as enzimas são reaproveitadas para executar funções análogas através de diversas vias metabólicas, como evidenciado no banco de dados MANET. Tais processos de recrutamento contribuem para um mosaico enzimático evolutivo. Uma terceira hipótese sugere que certos componentes metabólicos podem funcionar como “módulos”, capazes de serem reutilizados através de várias vias para desempenhar funções semelhantes em substratos distintos.
Além do surgimento de novas vias metabólicas, a evolução também pode levar à redução ou perda de funções metabólicas. Por exemplo, certos parasitas eliminam processos metabólicos não essenciais, adquirindo em vez disso aminoácidos, nucleotídeos e carboidratos pré-formados de seus hospedeiros. Reduções análogas na capacidade metabólica são observadas em organismos endossimbióticos.
Investigação e Manipulação Metabólica
Historicamente, os estudos metabólicos empregaram uma metodologia reducionista, concentrando-se nas vias metabólicas individuais. Uma técnica particularmente eficaz envolve a aplicação de marcadores radioativos em todo o organismo, tecido e níveis celulares, permitindo a elucidação das vias do precursor ao produto através da identificação de intermediários radiomarcados e produtos finais. Posteriormente, as enzimas que catalisam estas reações podem ser purificadas para investigar a sua cinética e respostas aos compostos inibidores. Ao mesmo tempo, outra estratégia envolve a identificação de pequenas moléculas dentro de uma célula ou tecido, denominadas coletivamente de metaboloma. Embora essas abordagens forneçam informações valiosas sobre a estrutura e função de vias metabólicas mais simples, elas se mostram insuficientes para analisar de forma abrangente sistemas mais complexos, como o metabolismo de uma célula inteira.
A natureza intricada das redes metabólicas celulares, compreendendo milhares de enzimas distintas, é exemplificada pelas interações entre apenas 43 proteínas e 40 metabólitos. Os dados de sequenciamento genômico, por exemplo, podem revelar até 26.500 genes. No entanto, as metodologias contemporâneas permitem a utilização de dados genômicos para reconstruir redes abrangentes de reações bioquímicas e desenvolver modelos matemáticos holísticos capazes de explicar e prever o comportamento metabólico. Tais modelos ganham poder preditivo significativo ao integrar dados de vias e metabólitos de estudos clássicos com informações de expressão gênica derivadas de análises proteômicas e de microarranjos de DNA. Através destas técnicas avançadas, foi desenvolvido um modelo abrangente do metabolismo humano, preparado para informar futuros esforços de descoberta de medicamentos e pesquisas bioquímicas. Além disso, estes modelos são atualmente utilizados na análise de redes para categorizar doenças humanas com base em proteínas ou metabolitos partilhados.
As redes metabólicas bacterianas exemplificam uma organização "gravata-borboleta", um projeto arquitetônico que processa eficientemente um amplo espectro de nutrientes para produzir diversos produtos e macromoléculas complexas, utilizando um conjunto limitado de metabólitos intermediários comuns.
A engenharia metabólica representa uma aplicação tecnológica significativa deste conhecimento. Este campo envolve a modificação genética de organismos, incluindo leveduras, plantas ou bactérias, para aumentar a sua utilidade na biotecnologia vermelha. Tais modificações facilitam a produção de produtos farmacêuticos, como antibióticos, e produtos químicos industriais, como 1,3-propanodiol e ácido chiquímico. Normalmente, essas alterações genéticas procuram minimizar o consumo de energia durante a síntese do produto, maximizar os rendimentos e mitigar a geração de resíduos.
Histórico
A etimologia do termo metabolismo remonta à palavra grega antiga μεταβολή (metabolē), que significa 'uma mudança', que se origina de μεταβάλλειν (metaballein), que significa 'mudar'.
Perspectivas Filosóficas Gregas
Em As Partes dos Animais, Aristóteles articulou suas perspectivas sobre o metabolismo com detalhes suficientes para construir um modelo de fluxo aberto. Ele postulou que durante cada fase desse processo, os materiais ingeridos sofriam transformação, liberando simultaneamente calor, que ele associou ao elemento clássico do fogo, enquanto as substâncias residuais eram expelidas como urina, bile ou fezes.
Ibn al-Nafis descreveu o metabolismo em seu trabalho de 1260 dC, Al-Risalah al-Kamiliyyah fil Siera al-Nabawiyyah (O Tratado de Kamil sobre a Biografia do Profeta), afirmando: "Tanto o corpo como as suas partes estão num estado contínuo de dissolução e nutrição, pelo que estão inevitavelmente a sofrer mudanças permanentes."
Aplicação do Método Científico
A investigação científica do metabolismo evoluiu ao longo de vários séculos, progredindo desde estudos iniciais envolvendo organismos inteiros até análises bioquímicas contemporâneas de reações metabólicas individuais. Santorio Santorio publicou os primeiros experimentos controlados sobre o metabolismo humano em 1614 em sua obra, Ars de statica medicina. Ele documentou meticulosamente seu peso corporal antes e depois de várias atividades, incluindo comer, dormir, trabalhar, atividade sexual, jejum, bebida e excreção. Suas descobertas indicaram que uma porção substancial da comida ingerida foi dissipada através do que ele chamou de “transpiração insensível”.
Durante estas investigações iniciais, os mecanismos subjacentes aos processos metabólicos permaneceram descaracterizados, com uma “força vital” frequentemente invocada para explicar a animação dos tecidos vivos. No século XIX, a investigação de Louis Pasteur sobre a fermentação do açúcar em álcool por leveduras levou-o a concluir que substâncias intracelulares, que ele designou como “fermentos”, catalisavam este processo. Ele afirmou a famosa afirmação de que “a fermentação alcoólica é um ato correlacionado com a vida e organização das células de levedura, não com a morte ou putrefação das células”. Esta descoberta seminal, juntamente com a publicação de Friedrich Wöhler de 1828 detalhando a síntese química da ureia – o primeiro composto orgânico preparado inteiramente a partir de precursores inorgânicos – desafiou significativamente a teoria da força vital predominante na ciência do início do século XIX. Os estudos contemporâneos reconhecem a síntese de ureia de Wöhler como uma conquista fundamental na unificação da química orgânica e inorgânica.
A descoberta de enzimas por Eduard Buchner no início do século XX revelou-se fundamental, delineando o estudo químico das reações metabólicas a partir da investigação biológica das células e inaugurando o campo da bioquímica. O conhecimento bioquímico expandiu-se rapidamente durante este período. Entre os bioquímicos modernos mais influentes estava Hans Krebs, cujas extensas contribuições para a pesquisa do metabolismo incluíram a descoberta do ciclo da ureia e, posteriormente, em colaboração com Hans Kornberg, do ciclo do ácido cítrico e do ciclo do glioxilato. A investigação bioquímica contemporânea tem avançado substancialmente por meio de inovações metodológicas, como cromatografia, espectroscopia de RMN, microscopia eletrônica e simulações de dinâmica molecular. Estas técnicas sofisticadas facilitaram a identificação e análise abrangente de numerosas moléculas celulares e vias metabólicas.
- Metabolismo antropogênico – Rotatividade de materiais e energia da sociedade humana
- Teoria da bateria
- Microcalorimetria isotérmica – Medição versus tempo decorrido da taxa líquida de fluxo de calor
- Hipótese do mundo ferro-enxofre – Cenário hipotético para a origem da vida, uma teoria do "metabolismo em primeiro lugar" da origem da vida
- Um distúrbio metabólico refere-se a qualquer condição patológica que prejudique a capacidade do corpo de processar e distribuir nutrientes essenciais.
- Microfisiometria
- Os grupos nutricionais primários categorizam os organismos com base em seus métodos fundamentais de obtenção de nutrientes.
- O protometabolismo abrange as reações químicas iniciais que se supõe terem evoluído para processos metabólicos modernos.
- A respirometria envolve a estimativa das taxas metabólicas através da quantificação da produção de calor.
- Correr metabolismo
- O metabolismo do enxofre refere-se ao conjunto de reações químicas envolvendo enxofre nos organismos vivos.
- O efeito térmico dos alimentos denota o gasto energético associado à digestão, absorção e armazenamento dos nutrientes ingeridos.
- O metabolismo urbano representa um modelo conceitual que ilustra os fluxos de materiais e energia em ambientes urbanos.
- O metabolismo da água constitui um mecanismo homeostático que regula a quantidade de água dentro de um organismo.
- O metabolismo de transbordamento descreve fenômenos celulares específicos relacionados à regulação metabólica.
- Oncometabolismo
- Reactome é um banco de dados abrangente que cataloga caminhos biológicos.
- KEGG (Enciclopédia de Genes e Genomas de Kyoto) é uma coleção proeminente de bancos de dados de bioinformática.
Referências
Introdutório
Introdutório
Avançado
Informações gerais
Informações gerais
- A Bioquímica do Metabolismo (arquivado em 8 de março de 2005)
- Bioquímica Sparknotes SAT: Uma visão geral da bioquímica adequada para o ensino secundário.
- Livro hipertextual de Biologia do MIT: Um guia de biologia molecular para graduação (arquivado em 19 de maio de 2016, no Arquivo da Web Portuguesa).
Metabolismo humano
- Tópicos em Bioquímica Médica: Um guia para vias metabólicas humanas, apropriado para o ensino secundário.
- A página de bioquímica médica: um recurso abrangente dedicado ao metabolismo humano.
Bancos de dados
- Fluxograma de vias metabólicas (ExPASy)
- Gráfico de vias metabólicas IUBMB-Nicholson
- SuperCYP: um banco de dados para o metabolismo de drogas-citocromo (arquivado em 3 de novembro de 2011, na Wayback Machine).
Vias metabólicas
- Metabolism Reference Pathway (arquivado em 23 de fevereiro de 2009, na Wayback Machine).
- O Ciclo do Nitrogênio e a Fixação do Nitrogênio (índice de arquivo na Wayback Machine).